После войны временно исполняющим обязанности министра был назначен Кингсли Шеклболт. Вскоре он был утвержден на должности путем всеобщего голосования. Первые годы своей работы он посвятил процессам над Пожирателями и масштабной зачистке Министерства от людей, бывших лояльными Волдеморту в период марионеточного правительства. В конечном итоге к 2000 году все, кто носил на плече Черную метку, оказались в Азкабане. Исключением стали только Малфои, которым взамен на показания против бывших соратников вместо заключения назначили репарации. Большая часть их состояния отошла пострадавшим в войне семьям. Кроме того, Визенгамот рассматривал иски против приспешников Волдеморта о компенсации морального ущерба: так разорилась не одна чистокровная семья. Те, кому удалось сохранить часть капитала, предпочли покинуть Англию; остальным пришлось мириться со статусом изгоев и тесниться на низшей ступени социальной лестницы. Герои войны, напротив, купались в народной любви и славе.

При содействии Кингсли Шеклболта Министерство старалось выровнять отношения с разумными магическими существами. Первая попытка наладить диалог состоялась еще в 1999 году. Братство гоблинов разработало Билль о правах гоблинов, подтверждающий и расширяющий их права в магическом мире, в частности, разрешающий им приобретать и применять волшебные палочки. Накануне 1 июня представители Братства и сотрудники Министерства встретились для обсуждения Билля, но переговоры были прерваны бунтом. Гоблины вышли на маггловские улицы, стали трансфигурировать почтовые ящики и мусорные баки, подожгли сарай и кустарники, устроили взрывы, а также маршировали по улицам, распевая лозунги Братства. Вскоре беспорядки были остановлены, а последствия устранены Группой аннулирования случайного волшебства, однако этот инцидент на десятилетия исключил для гоблинов возможность мирных переговоров с властью.

Несмотря на первую неудачу, в начале 2003 года в Министерстве была принята новая редакция Кодекса поведения оборотней, согласно которой им официально разрешалось учиться в Хогвартсе и работать в общественных заведениях. Их перевели из категории тварей в статус существ. Бюро регистрации и контроля оборотней при Министерстве слили с Управлением поддержки оборотней, местным сотрудникам вменялось содействовать социализации и трудоустройству подопечных. Аконитовое зелье стали отпускать в аптеках по доступной цене. К каждому зарегистрированному оборотню прикреплялся куратор, который следил за обращениями во время цикла. Многие оборотни сбивались в стаи, организованные по принципу групп поддержки: в человеческой форме они обсуждали психологические проблемы, а в звериной играли в мяч. Однако, несмотря на позицию Министерства, среди рядовых волшебников нашлись противники близких и дружественных отношений с существами, издревле известных своей жестокостью.  Они выступали против новой редакции Кодекса и по-прежнему не принимали оборотней.

На протяжении многих лет обсуждалась инициатива Гермионы Грейнджер об освобождении эльфов, но только в 2009 году она получила реальное воплощение. Изданная в тот год "Прокламация об освобождении эльфов" объявляла свободными всех домовиков, а также запрещала их рабство и принудительный труд. Поначалу это не вызвало большого энтузиазма: эльфы не пожелали покидать хозяев и с неохотой принимали жалование. Тогда в надежде повысить их гражданскую сознательность при Министерстве были созданы обязательные курсы, где им преподавали базовые знания по грамматике, арифметике, истории и магическому законодательству. Это помогло: осознав свои возможности, эльфы стали относиться к оплате труда положительней, они срывались с насиженных мест, уходили от жестоких хозяев. Со временем свободных эльфов стало так много, что Министерство не находило достаточно рабочих мест. Поддержка пришла с неожиданной стороны: гоблины протянули крючковатую руку помощи. С той поры свободных эльфов стали принимать на службу в Гринготтс. Вскоре они в партнерстве с гоблинами открыли крупный бар и заняли собственную нишу в сфере услуг и развлечений.

В 2015 году из тени вышел Отдел тайн. Впервые в истории он заявил о себе как о мастерской магических открытий и к концу года представил масштабный проект -  первую альтернативную ферму, где выращивали фрукты и овощи, способные заменить вампирам настоящую кровь. Первые испытания показали, что эта вегетарианская диета в полной мере может удовлетворить потребности даже самого ненасытного вампира. С разрешения Министерства вампиры начали выходить из тени и учиться готовить фалафель. В рамках Отдела магических популяций и контроля над ними было создано Бюро регистрации и контроля вампиров, в числе прочего уполномоченное по вопросам обеспечения их сбалансированным питанием. Система работала и пользовалась популярностью, пока не произошли первые случаи отторжения: у тех, кто предпочитал крови капусту, впервые за многие века появилось несварение. Некоторые вампиры тут же бойкотировали диету и в ответ столкнулись с враждебностью. Вскоре Отдел тайн разрешил проблему несварения, однако прошел слух, что капуста не так проста и при долгом употреблении чревата последствиями.

Все это время министром оставался Кингсли Шеклболт, которого переизбирали уже трижды. В 2020 году он ушел на покой, и министром стала Гермиона Грейнджер. В тот же год сменилась власть в маггловской Британии: после смерти Елизаветы II корона перешла к Карлу III (принцу Чарльзу). На этом перемены в их семье не закончились: в 2021 году шестилетняя внучка короля, принцесса Шарлотта, проявила магические способности. Подобный случай не имел прецедентов, но Виндзоры не были удивлены новостью о существовании волшебства. Они помнили о том, кто помогал монархам поддерживать мир в стране до Статута о секретности, и согласились в будущем отпустить Шарлотту в Хогвартс, но взамен попросили уже сейчас допустить их в магический мир и в числе прочего провести экскурсию по Министерству. Визит королевской семьи в магический Лондон держали в секрете, однако информация об этом попала на страницы "Ежедневного пророка". Некоторое время общество недоумевало, а затем разразился скандал - несмотря на опровержение Министерства, популярность получила версия о том, что целью визита были переговоры о слиянии миров.

Новость взволновала все волшебное сообщество, но разумных магических существ - особенно. Заподозрив, что жить в интеграции с не слишком толерантными магглами им будет еще хуже, чем сейчас, они начали сопротивляться призрачной угрозе слияния. Вампиры выступали на радио, оборотни пикетировали Министерство, эльфы вместе с гоблинами прошлись по улицам маршем и, как водится, разбили несколько окон. Из-за беспорядков сильно досталось Лютному переулку, где обитали многие протестующие. Тогда другие жители Лютного - потомки Пожирателей, изгнанные из приличного общества, - организовались для того, чтобы возглавить армию магических существ и с ее помощью вернуть себе былое величие. В тот год им это не удалось. Однако они попытались вновь и в 2024 году зарегистрировали Общество Недовольных Волшебников, критикующее Министерство за попустительство Статутом о секретности, требующее не допускать принцессу Шарлотту к обучению в Хогвартсе. Несмотря на одиозный статус организации, за пару лет ей удалось набрать около сотни участников из числа низшего класса и создать шум из ничего.

Еще в 2005 году в маггловском мире был опубликован комикс о мальчике, который выжил. Описанные в комиксе события полностью соответствовали истории Гарри Поттера, авторская вселенная в точности повторяла устройство магического мира. За первым томом последовали шесть других, комикс пользовался большой популярностью. В отличие от магглов, волшебники приняли его не так тепло. Министерство запустило расследование о нарушении Статута о секретности. Автор комикса хранил анонимность, но вскоре его удалось разыскать в маггловской лечебнице для душевнобольных – им оказался сквиб, изгнанный из чистокровной семьи. Со временем он нашел себе место в другом мире, но не переставал следить за волшебниками. От такой непростой жизни его рассудок повредился, и он оказался в клинике, где проходил терапию творчеством и неосознанно переносил на бумагу истории из "Ежедневного пророка". Им занялись стиратели памяти. Однако магглы уже узнали историю о Гарри Поттере, и нельзя было стереть воспоминания всего населения страны. Вместо этого из продажи постепенно изъяли все экземпляры комикса.